六月份種植的荷花種藕在適宜的條件下是可以發芽的。荷花（蓮花）的生長需要充足的陽光、適宜的水溫和良好的水質環境。如果您所處的地區六月份氣候溫暖，且能夠為荷花提供這些條件，那么種藕是有很大可能性發芽并且生長的。

以下是種植荷花種藕的一些建議：

1. 選擇合適的容器：可以使用池塘或者專用的蓮花盆來種植。確保容器有足夠的深度，通常建議水深在20-30厘米左右。

2. 準備泥土：荷花喜歡肥沃的泥土，可以使用富含有機物的淤泥或者園藝店購買的蓮花專用土。

3. 種植方式：將種藕埋入泥土中，深度約為5-10厘米，保證上面覆蓋有一定厚度的泥土。避免將種藕直接暴露在水面上。

4. 光照：荷花需要充足的陽光來進行光合作用，確保種植位置每天至少有四到六小時以上的直射日光。

5. 水溫：適宜的水溫對荷花發芽非常重要。水溫最好維持在20°C至30°C之間。

6. 水質管理：保持水體清潔，防止藻類過度繁殖，適時更換部分水分，以維持水質。

7. 施肥：可使用緩釋型肥料，如復合肥或腐熟的有機肥，注意不要過量。

在六月份種植，如果天氣條件適宜，并妥善照顧，荷花種藕應該會在幾周內開始發芽，隨后長出新芽和葉片。整個生長季節中，荷花會陸續開放美麗的花朵。但第一年種植的荷花可能不會有很多的花朵，隨著根系的成熟，次年開花的數量和質量通常會更好。